var anims = modelImporter.clipAnimations;
var newAnims = new ModelImporterClipAnimation[anims.Length];
for(int i=0;i<anims.Length;++i)
{
var anim = anims[i];
ここでanimを更新
newAnims[i] = anim;
}
modelImporter.clipAnimations = newAnims;
このようにclip配列を代入するのがポイントです。clipAnimationsをループしてその中身を書き換えても反映されません。