ビルドする前にStompyRobotフォルダを削除するのがよいです。可能であればリリースに含めたくないフォルダみたいのを作ってその中に放り込むのがよいと思います
Jenkinsでビルドする場合は、バッチコマンドなどでUnity関数呼ぶ前にフォルダ削除しておきます
if %Configuration%==Release (rd /s /q %WORKSPACE%\Assets\StompyRobot)
僕はこんな感じにしました。ConfigurationというのはJenkinsのビルドパラメータとして僕が定義しました。