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ライトプローブとシーンのロード - Unity マニュアル
Unity は、シーンをロードまたはアンロードする方法に応じて、ライトプローブのデータを異なる方法で更新します。
シーンのロード、アンロード方法によってライトプローブデータが自動更新されたりされなかったりします。
LoadSceneMode.Signle
Unityが自動的にLightProbeを更新します。
LoadSceneMode.Additive or UnloadSceneAsync
UnityはLightProbeデータを更新してくれません…
対処法
LightProbes-TetrahedralizeAsync - Unity スクリプトリファレンス
Asynchronously tetrahedralize all currently loaded LightProbe positions.
シーンロードあるいはアンロードの後、LightProbes.Tetrahedralize or LightProbes.TetrahedralizeAsync を呼びます。LightProbe数に応じてCPU負荷がかかります。シーン切り替え時の暗転状態で呼ぶなどする必要があります。
古いバージョンのUnityではバグがあり、この方法が正しく機能しません
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Unity IssueTracker - Loading the Scene with baked lighting leaves the lighting of the previous Scene even after it is unloaded
How to reproduce: 1. Open the attached project "1244629.zip" 2. Open the "Base" scene and enter Play Mode 3. Click Button "Load Scen...

Lighprobe behavior in additive scenes.
Here’s a simple setup: MainScene is empty, no lighting. Room1 is baked with lightprobes. Room2 is baked with lightprobes. All baking is Full (direct and ind...
Unity2019.4.9で修正されました。それ以降のビルドなら正しく動作します。