症状
VisualStudioやメモ帳などで編集してもUnityは一切認識しなくなりました。手動でreimportすると変更を認識してくれました。
原因
古いAssetStore版cinemachineとPackageManager版cinemachineが競合していました。Consoleをよく見ると大量のwarningが追加されてました。
対処法
古いcinemachineを削除し、PackageManager版を再インストールしたらwarningが消え、assetの変更が認識されるようになりました。