LibraryやTempフォルダをignore設定してると思います。しかし記述方法に気をつけないと予期せぬ結果を引き起こします
Library/ではなく/Library/を使う

バージョン管理にて.gitignoreが一部適用されない
# したいことUnityプロジェクトにおける指定ディレクトリをバージョン管理に含めなくしたい# 環境Bitbucket + SourceTree(v1.9.6.1)# 現状の.
先頭の /はファイルシステムのルートを指さず、.gitignoreがあるディレクトリを指します
ほとんどのケースで.gitignoreのあるフォルダにAssets, Libraryなどがあるためこれでうまくいきます。ではなぜLibrary/はだめなのか?
単純でAssets/Libraryというフォルダまで除外されてしまうからです。図書館系のアセットが軒並みバージョン管理されておらず、ビルドマシンでビルドするとアセットがMissingになるとう悲しい結果になります

